Zu Beginn des 13. Jahrhunderts, gleichzeitig mit dem Bau der Burg in Niedergösgen, wurde auf dem Hügel über der Aare ein neuer Turm gebaut.
1458 wurde die Herrschaft von Gösgen an die Stadt Solothurn verkauft. Diese verschenkte die Burg anno 1471 der Stadt Aarau, welche noch im selben Jahrhundert Teile der Burg für den Bau der neuen Stadtkirche Aarau verwendete.